Bergues aurait construit son premier beffroi dès 1112, une tour de bois construite sur les fortifications. Il s'agit alors plus d'une tour de guet que d'un réel beffroi. En 1240, une charte communale est accordée par Jeanne de Flandre à la cité.  Ce beffroi de bois est détruit en 1383 lors de la prise de la ville par les Français. Mais la même année on refond une nouvelle banklocke et on entreprend l'édification d'un nouveau bâtiment, en brique et pierre cette fois. Ce second beffroi sera atteint par l'incendie de la ville par les troupes française d'Henri II en 1558 mais la tour est réparée dès 1560 (toitures et charpentes). Le beffroi ne prend son aspect définitif qu’en 1627 avec l’ajout d’une lanterne octogonale couverte d’ardoises puis en 1787 avec la construction des halles contiguës. 

Au cours de la seconde Guerre mondiale, sa charpente est incendiée le 30 mai 1940 lors du siège de la ville. Les dégâts importants ne sont pourtant rien à côté du sort que lui réservent les Allemands. En effet, la tour est dynamitée en septembre 1944, au départ des troupes occupantes et en représailles de l'opération Dynamo.

La reconstruction est entreprise en 1958 et si la silhouette est conservée, les décors seront simplifiés selon les plans de l’architecte Paul Gélis. L’inauguration du beffroi actuel a lieu le 2 juillet 1961.